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靛蓝还原染色一般需在靛蓝染液中加入石灰或草木灰、酒糟或泔水等配料, 使染液发生发酵还原作用。染布时,将布放入染液中,浸半小时取出,晾干, 然后放入染液中再染,每天如此反复染三次,连续染数天即可成蓝布。布颜色的深浅是由染液的还原活化程度及浸染的时间与次数所决定的,而各地沿用的浸染时间与次数一般也会有差异。在染到所需的颜色后,一般还会对布料进行过胶处理, 以增加织物强力和提高染色牢度。配制染液时, 石灰或草木灰等的加入为染液提供了碱性条件,而发酵所需的养料主要来自植物组织水解出的单糖和多糖成分（近代则是人工添加泔水、酒糟等养料）。在碱性条件下,发酵产生的氢气将不溶性的靛蓝还原成可溶性的隐色体靛白,使之上染纤维制品。将纤维制品浸染后取出透风晾干的过程实质上是使附在纤维上的隐色体靛白氧化再复变为靛蓝的过程。在制靛过程中，游离出来的吲哚酚在热水或碱性溶液中发生酮式互变异构现象，
两分子吲哚酮在碱性条件下发生缩合反应从而氧化为靛蓝(C16H10N2O2)。吲哚酮氧化缩合时, 若温度过高、碱性过强, 则会生成一种靛蓝的同分异构体靛玉红[9]。靛蓝素和靛玉红的分子结构式见图6。可见靛蓝素分子与靛玉红分子的所有原子均处于同一平面，两个分子都是由碳骨架及环上的氮原子参与的大的共轭体系构成。靛蓝分子中存在的氢键是对称的（顺式靛蓝），而靛玉红则没有对称结构（反式靛蓝）,理论上来说，靛玉红分子的稳定性高于靛蓝。靛蓝素和靛玉红可通过色谱进行分离，图7显示了这两种同分异构体紫外-可见吸收光谱的区别。