水性涂料对涂料设备具有高度腐蚀性。需要防腐衬里或不锈钢材料，设备成本高。不锈钢管也需要用于水基涂料对输送管道的腐蚀、金属的溶解、分散颗粒的沉淀和涂膜的点蚀。烘烤水性涂料对施工环境条件(温度和湿度)有严格的要求，这增加了温度和湿度调节设备的投入，同时也增加了能耗。
对于大鬃眼材质，如：橡木、水曲流等，有些会选择底水技术或使用水基磨料填充物来提高漆膜的饱满度，在上面的水性涂料中起到很好的作用。需要注意的是，水性木器腻子油底水表面工艺操作简单，但与上水漆的层间粘连和气味环境问题需要特别注意。水基磨削填料在施工中需要注意。抛光填料必须完全摩擦或刮入眼睛，以避免后期倒塌。表面也必须抛光，否则也会影响层间黏附。主要考虑到造价和施工周期，水性木器漆厂家不建议在大的马恩中加入双分水底漆。
