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微生物发酵另外的一个好处是，其本质上还是生物学，模仿了真实自然环境下的生化过程。在多数情况下，发酵所使用的酶和天然酶完全相同，能够生产许多化学工程无法合成的分子。
■ 发酵与植物提取的香味相同吗？
植物来源的香精香料含量极其复杂。比如香草精，主要的香味成分是香草醛，但是香草中的其他化学物质贡献了所有其他复杂的味道：烟熏，辛辣，植物，，甜味和奶油味等等。那么，发酵或者合成生物学能够完全实现植物提取物的复杂性吗？
香草中的天然香料可能包含 200 多种成分，但并不意味着所有的分子都是必须的。选择发酵分子的时候，不应该机械的复制天然香精香料的成分，而是先识别出哪些化合物是决定风味的关键分子，因为并非每个分子对风味和功能都很重要，有些分子没有任何作用，甚至会产生负面影响。比如，从甜菊叶中提取的甜菊糖苷（Stevia），富含 Reb A，给甜菊糖苷带来了苦味。而通过合成生物学，可以将 Reb A 转化为更美味的甜味剂 Reb M。